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具体而言，当前我国所建立的土地垂直管理体制，主要是指省级以下基层土地部门的用地审批权和领导干部的人事权由地方政府和党委管理为主，改为由上级国土部门管理为主;省到中央并不垂直管理。省级以下土地管理体制的改革，本意是在一定程度上强化省级人民政府及其国土资源主管部门的执法监察职能，遏制土地违法行为的发生，但是从改革前后我国土地违法案件的数量及程度来看，涉案总量虽有所减少但大案、要案不断涌现，还存在不少问题。

地方政府的管理行为是否合法，直接关系到土地利用管理的效果。有些地方政府在经济利益的驱动下，以牺牲耕地来换取经济的暂时发展，无异于饮鸩止渴。我国现行土地管理体制使土地管理部门对地方政府的土地违法行为难以形成有效的制约。特别是国土资源管理部门在法律上并没有土地违法案件的查处权。土地管理部门应当实行垂直领导的管理体制，加大土地执法监督力度。地方各级土地管理部门只在上一级土地管理部门领导下，负责本行政区域内的土地管理和监督工作。上一级土地管理部门对下一级土地管理部门领导的任免无须征求下一级土地管理部门所在地政府的意见。

省级人民政府土地管理部门摆脱不了同级人民政府的领导，现行土地垂直管理体制存在的弊端就不可能根除。为适应新情况，推进国土资源执法监察体制改革，强化自上而下的执法监督，应该在不同的区域建立代表全社会利益的区域土地资源管理协调机构，以行使中央政府赋予的权力对省级土地管理部门进行领导。例如，由两市一省共同组建成立代表中央政府的跨行政区域的京津冀都市圈土地资源与资产管理协调机构对两市一省的土地管理部门进行垂直领导，逐步建立起京津冀都市圈一体化的土地资源共享机制、土地资源合作开发机制以及土地资源矛盾协调机制。